中國科學(xué)院上海藥物研究所是我國歷史最悠久的藥物研究機(jī)構(gòu)，她的前身是國立北平研究院藥物研究所，創(chuàng)建于1932年，1933年遷至上海，2003年又搬遷至浦東張江高科技園區(qū)。
上海藥物研究所是以創(chuàng)新藥物的基礎(chǔ)研究、應(yīng)用基礎(chǔ)和應(yīng)用開發(fā)研究為主的綜合性研究所。通過生物學(xué)和化學(xué)兩大學(xué)科的密切合作，闡明生物活性物質(zhì)的結(jié)構(gòu)、活性及其相互關(guān)系；探索藥物作用的新機(jī)理、新靶點(diǎn)；完成新藥臨床前綜合評(píng)價(jià)及研究；大力推進(jìn)新藥成果轉(zhuǎn)化；為我國創(chuàng)新藥物能力的全面提升起到引領(lǐng)作用。
上海藥物研究所的主要研究領(lǐng)域包括：天然活性物質(zhì)的發(fā)現(xiàn)；化合物的合成、結(jié)構(gòu)修飾；藥物作用的細(xì)胞和分子機(jī)制；藥效評(píng)價(jià)新動(dòng)物模型；新靶標(biāo)的確證；藥物－靶標(biāo)相互作用和構(gòu)效關(guān)系；分子藥物設(shè)計(jì)；高通量和高內(nèi)涵藥物篩選；藥物的早期代謝特征和安全性評(píng)價(jià)；藥物新型傳遞系統(tǒng)等。并密切關(guān)注生命組學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)和胚胎干細(xì)胞等生命科學(xué)前沿領(lǐng)域最新進(jìn)展，迅速應(yīng)用它們的最新成果，提升藥物研究的源頭創(chuàng)新能力。與此同時(shí)，通過上述各個(gè)學(xué)科領(lǐng)域的綜合研究，重點(diǎn)研究治療嚴(yán)重危害我國人民健康的惡性腫瘤、神經(jīng)退行性疾病、代謝性疾病的新藥；同時(shí)對(duì)嚴(yán)重影響公共衛(wèi)生和社會(huì)安全的感染性及突發(fā)性疾病等開展新藥研發(fā)；并加強(qiáng)現(xiàn)代中藥的研發(fā)，發(fā)掘祖國醫(yī)藥寶庫，為中藥走向世界不斷作出基礎(chǔ)性、戰(zhàn)略性的貢獻(xiàn)。
上海藥物研究所設(shè)有新藥研究國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家新藥篩選中心兩個(gè)國家級(jí)研究中心，五個(gè)研究室，以及一系列新藥研發(fā)技術(shù)平臺(tái)；主辦了英文學(xué)術(shù)雜志《Asian Journal of Andrology》和《Acta Pharmacologica Sinica》，并主辦以非處方藥物為主的科普雜志《家庭用藥》。
經(jīng)過幾代科研人員的努力，上海藥物研究所已發(fā)展成為學(xué)科齊全、成就卓著、人才薈萃、在國內(nèi)外享有較高聲譽(yù)的國立藥物研究機(jī)構(gòu)。數(shù)十年來，上海藥物研究所先后研制出了一大批重要的創(chuàng)新藥物，近十年來又進(jìn)一步建立和完善了達(dá)到國際水平的新藥研究技術(shù)平臺(tái)體系，成為我國新藥研究最重要的中心之一。